Одночасно з поступальним розвитком, в економіці області мали місце прорахунки і недоліки, породжені командно-адміністративними методами управління. На якості роботи негативно позначалися штурмівщина, розпорошення коштів, великі обсяги незавершеного будівництва. Низькою залишалася механізація вантажно-транспортних та інших трудомістких робіт.
Не на користь справі були непродумані реорганізації управління. Так, Черкаська область спочатку входила до Київського раднаргоспу, потім до Черкаського, а згодом – знову до Київського. Плани нерідко складалися без достатнього економічного обгрунтування і часто мінялися. Зокрема, план 1962 року тресту „Черкасжитлобуд” зазнавав коригувань 13 разів, а тресту „Черкасхімбуд” – 16 разів.
Не сприяла злагодженості й здійснена з ініціативи М.С. Хрущова перебудова структури органів управління. У січні 1963 року Черкаський обком партії було поділено на два – промисловий і сільськогосподарський. Відповідну реорганізацію проведено в обласній раді депутатів трудящих – їх теж стало дві (відповідно – два виконкоми), в обласній раді профспілок, обкомі комсомолу, інших обласних відомствах. Таке ж „роздвоєння” керівних структур відбулося і на районному рівні.